拙劣的考古研究，弱智的严谨结论　　　　白字秀才　　　　方舟子说贺福初等人提交的人的hepatopoietin和已经发表的人的ALR的【蛋白质序列完全一样】，我才比较了这两个完整的蛋白质氨基酸序列，并提供了gi7576256 和 gi11559826这蛋白质序列登记号。好笑的方舟子说我把号码的最后一位数字弄错了，应该是gi7576255 和 gi11559825，更好笑的是这个拍马屁的如洗，跟它主子有样学样地也说我把最后一位号码弄错。gi7576255 和 gi11559825 这两个号码是我提供的两个蛋白质序列所对应的cDNA序列在NCBI的登记号，最后一位数字刚号相差1。　　　　蛋白质和基因，这两个概念要分清！　　　　Giorda在1996年明明是克隆了alr的基因，准确地说，是克隆了人ALR的complete cDNA,可方舟子非说【别人早就发现、克隆的蛋白质】。Giorda连人的ALR蛋白质的鸡巴毛都没有见到，如何【克隆】了ALR蛋白质？在分子生物学里面的常识是，不管是中文表达还是英文表达，可以【克隆】基因，【克隆】人或动物，少见有【克隆】蛋白质的说法。蛋白质一般是被【表达】【纯化】，少有被【克隆】的。那么方舟子在这里为何把Giorda1996年克隆的ALR的cDNA说成【早发现、克隆的蛋白质】？因为贺等人说他们先得到了HPO蛋白，如果方说别人先克隆了基因，那么方舟子的【一个成功的学术骗子贺福初院士】【欺世盗名到了这种程度，肆无忌惮到了这种程度，闻所未闻。】就有点不着边际了。所以，方舟子【欺世盗名】地把Giordaz在1996年克隆的人的ALR的cDNA或基因，无知地说成是克隆了人的ALR的蛋白质。　　　　请各位看官记注，以后最好说【成功地克隆了xx基因或全序cDNA，并在xx系统中表达了xx蛋白质，检测了xx蛋白质的活性】。说到蛋白质，最好说【表达】【提纯或纯化】，不要说【克隆】，那是如方舟子这样“文科傻妞＋理科扔货”的说法。　　　　有位哲人说得好“和人类蛋白质组研究相比，人类基因组研究只是小儿科而已”。　　　　如果你仅仅弄出一堆DNA碱基序列，而不知道这个DNA碱基序列到底表达不表达，在哪里表达，表达多少，表达的功能又是什么，那么对生命的了解还是停留在很表象的基础上。只有真正得到蛋白质，才能对生物各层次的功能有更深和终结的了解。　　　　那么到底Giorda在1996年对人的ALR做了什么？Giorda根据老鼠的ALR的顺序，设计了一个PCR反应，得到了人的ALR 全序cDNA并根据cDNA，推出其氨基酸序列，就终止了。Giorda根本没有得到人的ALR蛋白质，或根据cDNA顺序，试图表达人的ALR的重组蛋白质。Giorda在这篇文章中主要是研究和分析老鼠的ALR基因的结构和表达的。方舟子为了批驳贺等人的HPO功能对肝再生特异的说法，说“但是早在1996年，Giorda等人已得出结论说ALR并非特异地对肝再生起作用，而是在其他活跃的再生细胞中，特别是睾丸中的生殖细胞中，也都参与核和线粒体转录文本的合成或稳定（Giorda et al, 1996）。” 我可以肯定，方舟子没有真正看过Giorda的文章。事实是，正如我上面所说，Giorda在得到人的cDNA后，就停止了，而是全文在研究老鼠的ALR基因的结构和表达以及比较人和老鼠的cDNA的同源性。所谓ALR在“睾丸中的生殖细胞中“，是用老鼠做的实验，研究的是老鼠的ALR的表达！方舟子用别人的老鼠的蛋白质和实验来驳斥贺等人关于人的ALR的作用，是不是有点发神经？方舟子还说”事实上ALR是一种硫氢氧化酶，其主要功能可能是参与细胞质铁硫蛋白的组装（Lange et al, 2001）。显然，这一功能对所有细胞包括肝细胞都是重要的，但不能说它就是特异的肝细胞因子“，在这篇文章中，原作者是这样说的“Therefore, participation in the assembly of cytosolic Fe/S proteins appears to be the primary task of ALR. Certainly, this function is crucial for all eukaryotic cell types, whereas the proposed role of ALR as a hepatotrophic growth factor is restricted to liver cells, and may be effective only after cell damage.”。可以看出，作者并没有否认ALR对损伤肝细胞再生的特异功能。更主要的是，在这篇文章中，作者只是用酵母细胞做实验，发现人的ALR也有部分酵母细胞相对的Erv1p基因的促进铁硫蛋白在酵母细胞质里组成的功能，同时也用实验证明，人的ALR不能完全取代酵母细胞的Erv1P在酵母细胞里面的功能。所以，作者根本没有用实验证明ALR在人的细胞里面也有如此或主要起如此的功能，作者也没有说人的ALR的主要功能是参与细胞质铁硫蛋白的组装。作者只是说【细胞质铁硫蛋白的组装这一功能明显是对所有真核细胞重要的】，作者并没有否认人的ALR对人损伤肝细胞再生的特异功能。而贺等人，基本都是在讲人的hepatopoietin的功能。方舟子喜欢把老鼠或酵母细胞的功能推测到人的身上，也算胆大。　　　　另外，方舟子说“只有贺福初实验室用这个称呼（HPO），见Lange et al, 2001）“，而原文作者是这样说的”the human homologous protein ALR ('augmenter of liver regeneration'; Hagiya et al., 1994; Giorda et al., 1996), also termed hepatopoietin (Li et al., 2000), was demonstrated as the functional orthologue of yeast Erv1p.“，可以看出，作者只是说，ALR也被贺实验室称作Hepatopoietin，根本就没有方舟子胡诌的”【只有】贺福初实验室用这个称呼“的意思。相反，作者的这句话说明贺实验室的hepatopoietin的叫法是得到同行的认可的。　　　　本人发的第一篇帖子，从来没有说人的ALR和人的hepatopoietin是两种不同的蛋白质。从所有的贺等人发表的文献看，他们在1997年克隆到hepatopoietin的cDNA后，也没有说过这样的话，事实上，他们一直在混用ALR和hepatopoietin，并一开始就引用了Giorda等人的文献，不过，贺他们想强调hepatopoietin这个词，也未尝不可，为何在方舟子眼里，就是【欺世盗名】了？如果在基因库里面没有人的ALR的序列，贺他们在提交这个序列的时候，使用一个他们已经习惯了用词hepatopoietin，有何不可？如何就是属于掩瞒世人，偷偷改ALR为HPO? 在ALR这个领域里面的同行，没有一个人是这么看的，相反，人们基本接受了HPO这个词。其次，方舟子在说【蛋白质序列是完全一样】这句话时，是想当然的。它根本就没有比较过蛋白质的顺序。所以，我提交了两个蛋白质的序列代号，没想到，方舟子和这个如洗，只知道基因。第三，方舟子把Giorda在1996年克隆的人的ALR的cDNA说成是克隆了人的ALR蛋白质，并胡说这个Giorda已经研究了人的ALR蛋白质的功能。　　　　有时，事情并不那么简单！　　　　这个Giorda在1996年发表在molecular medicine杂志上的文章，我估计一般人是无法看到全文的，只能看到NCBI上的摘要，可能也要包括贺福初他们。在Giorda的1996年文章中，他们根据老鼠的ALR序列，克隆出了一个可编码205个氨基酸顺序的cDNA！我是看了原文，并对比了顺序的，cDNA顺序和贺福初他们在2000公布的顺序(GI 11559826)是一样的。对于，ALR，行业内都认为是个125个氨基酸顺序的蛋白质，在人类中，主要也是以125个氨基酸的形式出现，但是，这个基因在人类基因中存在两个可翻译的起始密码子ATG，或两个不同的转录产物mRNA，分别编码125aa和205aa这两种蛋白质，以前者为主，而且125aa蛋白质就是205aa蛋白质的c末端部分。那么Giorda确实只得到了人类ALR基因的稀少产物cDNA，而主要的产物，编码125aa的cDNA确实是贺他们先得到的，也就是贺他们在1999年3月向genebank提交的顺序GI 4325313，对应的蛋白质是GI 4325314。　　那么，不管是编码125aah还是205aa的cDNA，真的是这个Giorda在1996年先得到人的ALR的基因吗？　　　　那么信誉死亡站的joker们要说了，还是人家giorda先得到ALR基因的。　　事实是，贺福初他们也早在1996年就得到了人的ALR基因的编码125aa的cDNA了！　　看官请看下面文献：　　　　【一】人胎肝cDNA文库构建及肝细胞生长因子cDNA克隆筛选和活性研究 杨晓明 贺福初 邢桂春 第三军医大学学报 [1994年第01期]　　　　【二】人胎肝cDNA文库构建及鉴定 杨晓明 贺福初 邢桂香 第三军医大学学报 [1995年第02期]　　　　【三】杨晓明，谢玲，邱兆华，胡志远，吴祖泽，贺福初.人肝再生增强因子的cDNA克隆与序列分析.军事医学科学院院刊(Yang Xiao-ming, Xie Ling, Qiu Zhao-hua, Hu Zhi-yuan,Wu Zu-ze, He Fu-chu. Cloning and sequence analysis of human augmenter of liver regeneration. Bull Acad Milit Med Sci), 1996, 20(4):241～244　　　　【四】人肝再生增强因子的cDNA克隆、高效表达及生物学活性研究 杨晓明 第三军医大学学报 [1995年第02期]　　　　　　从文献看，其实，早在1990左右，贺他们就直接研究人的ALR了。从【一】【二】文献，我们可以看出，早在1994年和1995年，贺他们就已经建立了人胎肝的cDNA文库。有了文库，筛选cDNA就不会是太难的事情了。果然，在1996年，贺他们确实克隆出了人的ALR的全序cDNA，是编码125aa，而且做了许多生物学功能研究，进行了重组高效表达以及活性的研究。　　　　如果单从克隆人的ALR的cDNA来说，在205aa的cDNA上，贺他们输给了Giorda的话，在人的ALR的主要表达的125aa的cDNA方面，他们当之无愧地是世界领先者和首先克隆出的人；那么从人的ALR蛋白质研究方面来说，从头之尾，不管是205aa的ALR还是125aa的ALR，都是贺他们首先得到的。当世界上其他的科学家们还用老鼠和酵母做实验的时候，贺他们就已经直接用人的胎肝提取物做实验了，因为在中国，人的胚胎容易得到。所以，纵观和横看，贺他们是研究人的ALR/HPO最早以及最好和最深入的。　　　　那么现在可以说，当贺福初他们说是他们在世界上第一个得到人的ALR/HPO的时候，不管在蛋白质的水平还是基因的水平，都可以说，是站得住脚的，除非那天发现更早的实验报告。　　　　贺他们在研究ALR/HPO的时候，从来都没有掩瞒giorda的工作以及hepatopoietin也被称为ALR. ALR原来被人一直称为HSS，后来94年有人从老鼠得到这个基因，就自己起个名字为ALR,那么，再后来，贺他们用hepatopoietin有何不可？难道中国人给一个基因一个新的名字就叫【欺世盗名】【闻所为闻】吗？　　　　　　这个如洗的考古比较有趣，花了不少功夫，但是不得要领。在ALR到底是125aa还是205aa转来转去。其实，我在以前的帖子就说过，205aa是国际上认可的贺他们发现的ALR/HPO的一个表达变异的产物，通常情况下ALR是125个氨基酸。虽然Giorda先几个月发现了人的205aa的cDNA，他们根本没有进一步研究，而贺他们克隆并确证了这个cDNA是可表达的，并体外得到了重组205aaALR和做了详细的功能研究。　　　　从她的考古，我们可以得出的结论是：【在国际基因库genebank中，可查到的人HPO的基因或蛋白质序列首先是来自贺福初他们的实验室，那是1999年3月；而最早可查到的人的ALR的基因或蛋白质序列，那是已经是2001年以后的事情了。】　　单单就从这点看，贺他们说他们首先向国际基因库提供HPO的序列，有错吗？　　　　信誉死亡站上的joker就是joker.　　　　　　◇◇新语丝(www.xys.org)(xys.dxiong.com)(xys.3322.org)(xys.xlogit.com)◇◇　　　　　　贺福初hepatopoietin的考古研究　　　　　　如洗　　　　　　前些天看了新语丝上方舟子的《谁来处理贺福初？--贺福初事件余波》，　　就舟子和白字秀才的争论发表了一点看法《关于贺福初的hepatoietin的两点疑　　问》。这里要先做个自我批评，一是把hepatopoietin写成了hepatoietin，二是　　由于当时急着要和老婆出门没有仔细研究就凭印象写了"疑问"一文。后来一直惴　　惴，这两天有空，通过认真仔细地研究相关文章查阅10年历史，证实自己的"疑　　问"一文虽有不严谨的地方，但基本还属正确，同时也得出和舟子一样的结论：　　贺福初就是在盗名。在考古研究中，由于涉及的文章序列年代以及人物众多，一　　不小心就容易被假象迷惑，所以特别将此考古经历写出，为广大考古爱好者提供　　一个资料。　　　　　　用hepatopoietin到genbank中搜索，得到28个结果，经逐个浏览确定最后4　　个为该基因的GI号：GI 4325311、GI 4325313、GI 5924292和GI 11559825。贺　　福初在1999年3月3日发表了第一个hepatopoietin (HPO1) 部分序列GI 4325311，　　几乎同时又发表了hepatopoietin (HPO2)的"完整序列"GI 4325313。该"完整版"　　的序列对HPO1的5'端进行了修正。贺福初在申请中国专利时就是用的该完整版序　　列，不过当时中文名不叫肝细胞生成素而是叫肝增殖素，在后续的两个关于其生　　产工艺和可能应用的专利中改名为肝细胞生成因子（hepatopoietin）（与肝细　　胞生长因子仅一字之差，与hepatopoietin A仅差一个字母，难怪舟子当年差点　　上当）。该HPO2编码125个氨基酸，为了后面叙事方便这里未经同意擅自改名为　　HPO125。然后在1999年9月27日，又发表了一个"更完整版"的hepatotoietin (GI 　　5924292) ，比HPO125在氨基端多了55个氨基酸，我又擅自取名为HPO180，不过　　这次的不是mRNA序列而是基因组序列，说明多出的这55个氨基酸是根据基因组序　　列推测出来的。不过做蛋白预测的这个人不够认真，忽略了紧靠着HPO180编码序　　列5'端的另一段编码序列，这一段不用计算机单靠肉眼也看出来了。不知道当时　　的贺主任扣了他的奖金没有，在这里举报一把，嘿嘿。该疏漏造成的直接后果是　　"终结版"序列推迟了一年多直到2000年12月6日才在genbank上发表，GI 1159825。　　这个序列也是舟子和白字先生争执的序列。该序列发表时声称是mRNA全长序列，　　由于发表的序列只有阅读框，所以我怀疑是后来又从"更完整"版的基因组序列中　　发现了漏掉的这一段，补上后用mRNA全序列的名义来发表。"终结版"HPO比"更完　　整"版的HPO在氨基端又多了25个氨基酸，一共是205个氨基酸，擅自取名为　　HPO205。　　　　　　贺福初实验室虽然从基因组上找到了HPO205，但是他们几乎所有公开发表的　　关于hepatopoietin的文章都是关于HPO125的。只有Li Y 2002年发表在Eur J 　　BioChem上的一篇章中提到检测到15KD和23KD两个不同分子量的HPO，这也是该实　　验室在国际上发表的第二篇关于hepatopoietin的文章。HPO125的分子量为15KD，　　HPO205的理论分子量为23.5KD，所以如果该实验本身没有问题的话，那么该23KD　　蛋白极有可能就是HPO205。从理论上这是一件非常容易证实的事情，奇怪的是一　　直到现在也没有关于这方面的内容发表。这对于贺福初来说这是非常重要的事情，　　因为证实了这点，他就可以名正言顺地说HPO是他在国际上第一个发现，而且可　　以同该死的ALR（augmenter of liver regenerator）说再见了。　　　　　　可见，就具有确定意义的基因来说，贺福初目前也只认可HPO125。好了，　　HPO125的基因和蛋白序列同augmenter of liver regenerator（ALR）是一样的。　　正如方舟子已经指出的："ALR早在1994年，就由Hagiya等人从大鼠中克隆，其人　　的基因，也早在1996年由Giorda等人克隆并表达"，到pubmed上查查就知道了。　　不过Hagiya和Giorda等并没有把文章上的序列发表到genbank，而直到1999年1月　　29日，才由Giorda等发表了老鼠ALR基因组序列（GI 4096809）。Genebank上所　　有关于人ALR的序列都是2001年以后的事情了。虽然当年贺福初在genbank上查不　　到人的ALR序列，但是有Giorda的GI 4096809在，应该可以追根溯源到Hagiya和　　Giorda的两篇文章，应该就能够知道自己的HPO125其实就是ALR。由于实验进行　　的过程由于当时文献检索和查阅困难的问题，可能在最初阶段会误认为自己发现　　了新基因，但是在后来随着ALR研究的增多，随着各种ALR基因序列在genbank中　　发表，就不应该再对外宣称首次发现了HPO。　　　　　　可见方舟子说贺福初当年初欺世盗名并没有说错，而且贺福初从来只敢欺国　　内而不敢欺到国际上。贺福初的"恃无忌惮"只在国内，在国际上确是非常"忌惮"　　的。中国的学界成了造假的温床，实在是莫大的悲哀。贺福初在他所有关于　　hepatopoietin的国际刊物的文章里都会老老实实地写上HPO的国际公认的名字　　ALR，也基本上不敢宣称自己首先发现了HPO（或ALR）。这里说基本，是有个例　　外，相信不是贺福初的本意，Yan Wang等在FEBS Lett. 2004 13;572(1-3)的一　　篇文章的前言中说"Yang et al. firstly cloned the cDNA of HPO (rhHPO) 　　from human fetal liver lysate encoding 125 amino acids and 15KDa in 　　molecular weight"。这话有两个意思，要么是说贺福初首次发现了HPO，这个新　　发现是用胎肝做出来的,然后别人又发现了同样的序列，但叫ALR；要么就是说贺　　福初最先从胎肝里找到了和ALR一样的基因，却被自己"最先"叫为HPO。写文章的　　这个孩子显然涉世未深，你的师姐师兄大小老板们都不敢随便在国际上开的玩笑，　　却让你给开了出来。这不是受人以柄让人抓小辫子么，好在FEBS letter影响不　　大，但是也要好好反思接受教训。　　　　　　现在HPO和ALR的序列太多了，不专门研究一下真是不行。事实上，舟子和白　　字争执的两个序列（GI　7576255和 GI 11559825）目前还都是停留在序列本身　　上的基因和推导出来的蛋白序列。GI 7576255(被白字先生写成了7576256)是德　　国Duesseldorf大学于2005年4月5日发表在genbank上的一段基因组序列，推导了　　有205个氨基酸的ALR，不是目前广泛研究的只有125个氨基酸的ALR；GI 　　11559825(被白字先生写成了11559826)也不是贺福初实验室一直在研究并偷偷宣　　称首次发现的HPO125。所以白字秀才拿这两个东西的比较来指责方舟子显然用了　　伪论据，这里白字要么是学习不够用功要么就是存心不厚道。有个问题要搞明白　　的是：贺福初的GI 11559825和德国人的GI 7576255谁的更可信？本人通过认真　　的检索和比较，认为应该是贺福初的序列更为可信一些。用贺福初的"终结版"序　　列（GI 11559825）到genbank中可以搜到所有具有同源序列的HPO和ALR。在有争　　议的几个碱基位置，我大致查对了几个不同实验室来源（如GI 33879548, 来自　　NIH mammalian gene collection program team）所发表的基因序列，在这些位　　置都和贺福初的GI 11559825完全一致。另外贺福初的"完整序列"GI 4325313是　　mRNA序列，在相应位置上同其基因组序列（GI 11559825）也是一致的。相比而　　言，德国Duesseldorf大学的GI 7576255 就比较缺乏其它数据的支持。这两个序　　列都在16号染色体上，同时通过查对intron发现，所有intron的序列基本都是一　　样的，所以这两个基因可能就是同一个基因。所以问题出在德国的序列上，要么　　是测序问题要么是样品问题（比如突变等）。贺福初好歹也是院士了，有钱有人　　洋枪洋炮的，一些简单问题还是应该能搞正确的。　　　　　　不过虽然这样，并不能给贺福初翻案。不仅不能翻案，在查对同源序列时还　　发现了另一个贺福初"很忌惮"地盗名的证据。意外发现一个定义为augmenter of 　　liver regeneration的序列GI 54112431，这是一个mRNA序列，包括了HPO205的　　完整阅读框，和终结版序列相比有4个碱基的差别，但只造成2个氨基酸的不同，　　可见此ALR就是彼HPO205。这个序列居然是出自贺福初实验室，发表日期为2005　　年11月6日。这说明贺福初对自己的HPO实在也没有了信心，关起门来时自家人也　　是承认HPO就是ALR的，不过这件事只能让外国知道，在自己国家里在实验室范围　　外还是要一口咬定"国际上首次"的。　　　　(XYS20060121)