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所谓事物发展变化的根本原因，就是指事物的质变原因。我们都知道，在人类已知世界的范围内，不论是简单的基本粒子还是高级的生物形式，一切质的形成，都是在一定基础质态的单位上演化而来，如基本粒子到原子，原子到分子，分子到核酸，而其他一切变化，都是和特定质态单位的个别或群集作用有关，比如一条狼吃了一只羊，是狼和羊两个单位之间发生的关系；又如山体塌方活埋一条狼，是物质元素的群集与狼的单位之间的关系。这样就把问题归纳到一个焦点上，要认识事物发展变化的原因，首先要认识事物的质。
对事物质的一般解释，是指一事物区别于其他事物的内在规定性。对这个解释基本没什么争议。但是关于什么是内在规定性的问题，学术界的观点就不一致了。旧矛盾论解释为“事物内部对立双方既相依赖又相排斥的关系”。过去用这个定义对事物作详细精确分析时，总叫人大汗淋漓。事实上正因为它的失误，故尔很玄。不过在传统唯物论诸派中有一点较一致，那就是任何质的主体，都是相对独立的具有内在规定性的单位，如原子的特性由单位原子体现出来，动物特点显示于它的个体，它们都是不依赖于人的感觉而存在的客观实在。但是二十世纪物理学发现物质对象的特性，和特定“参考系”有关，如时间和空间的度量相对于不同速度会有变化，“基本粒子”的特性以不同方式观察显示出似乎不可相容的波粒二象性。这些新发现导致一些思考哲学问题的人对唯物论产生怀疑。其中有人认为物质纯粹是人的主观产物，有人则认为一切事物特性都是主客观统一的关系实在。并且认为在人类出现之前没有客观特性可言。这些新观点都有自身的论说系统，有一定深度，也很玄。不过让持有这种观点的人离开他们的繁杂逻辑回到现实中来体验生活，又必然使他们感到很不痛快；因为客观对象不管他们是否观察都在那儿存在和变化着。因此发现时空相对关系的爱因斯坦才眼睁睁地看着自已衰老直至离开人世，无法换一种观察方式使自已永生，最终由他生前的观察对象操办了安葬仪式。现代物理学发现对象的状态和观察方式的关系其实不奇怪，因为一切事物属性必须通过特定对象显示出来。阳光使植物光合反应，给人温暖又感到刺眼且色彩缤纷；600磅的胖子到月球上便轻飘飘。有谁能找到脱离对象的属性？当然没有。我们大可不必用那些玄乎的方法寻找真理，探索内在规定性的道路实际上明摆在哪里。任何质都只能由不依赖于人而存在的具有内在规定性的单位体现出来，这种单位就是质的主体。对它们的内在组织关系及其来源的分析，才是探索内在规定性的正确道路。质的主体应该有一个正式名称，这里取名为“质主体”。
解剖质主体，可以看到我们所能解开的单位都有内部结构，且结构是由许多小单位组成，如原子由电子、质子、中子等基本粒子组成，细胞由众多分子组成，生物机体由细胞组成。然而结构不是纯粹的形式，泥塑的飞机上不了天空。结构承担的正是内在规定性，由规定性使众多小单位组成大结构，发挥大功能。对小单位的组织力量是控制作用，使它们受支配或被约束地参加组织。小单位之所以能组成大的结构和功能，是因为小单位本身也是功能单位，它可以承担控制关系的局部作用，在整体关系中以自已的功能进行配合。质主体的内在规定性，就是由小单位组成的控制关系实现的。
事物的发展变化，是旧质态基础上的质变， 这个质的基础也是特定控制关系组成的内在规定性；因而质变也就是控制关系的变化。就进化发展而言，是某种原因导致自身决定的有控制的变化，这是发展的唯一方式。而与控制作用无关的外因造成控制关系的偶然改组，不是发展的必然方式。分子生物学家们都知道，遗传基因DNA的排列方式，在它的内在成份所有可能的排列方式中所占的概率接近于零，如果是偶然的排列产生和发展生物，那么无数更多的偶然会将它削灭得无影无踪，世界不会象今日般生气勃勃，而是一片死寂。所以偶然非控制的改组，不可能带来连续性发展，即不是发展的根本原因。对于退化转化也是如此。
至此，中心问题可以提出来了，是什么原因导致了控制关系的形成、发展和变化？解决了这个问题，就解决了事物本质的问题，也即发展变化的一般或根本原因的问题。
稍加思考就可以知道，具有内在控制关系的主体单位，不可能在对它的原定状态和趋向的肯定关系中发展变化，因为肯定关系的作用在于维持原有特定内部组织关系和外在关系不变。事物的变化，必须另有一个因素对自我肯定的控制关系产生相对否定作用，从而在对否定的反应中改变原状。而那个因素也必须是自我肯定的控制组织之外的独立因素，否则不可能有否定作用。可见，发展变化至少是在无控制关系的二个对象间产生作用的结果，且必须是二个对象间的否定作用，才能导致事物性质的变化。如果两个相互独立的单位之间只有相互肯定的关系，那么什么都没有改变。这一原理旧矛盾论作家也看到了，称做“否定之否定”。
否定和承受否定作用是两个方面间的关系。所有两个方面关系都包括于二类基本形式中，一类是双方相依存的内部配合关系，另一类是来源各自独立的双方关系。在分析旧矛盾论失误的这一节中，已经证明了内部配合关系不可能成为发展变化的原因，配合只是结果，不产生新特性。
那么，导致发展变化的关系，只能在来源各自独立的对象关系之中。双方对象也不外乎二种情况：一是一个质主体单位，如一个原子、一个分子、一只动物。二是质主体单位的群集（或称集团）。一切独立的两个方面关系，无非是单位间的关系、集团间的关系、或者单位和集团间的关系。这三种关系的对象不管怎样相互作用，所导致的变化都是单位或集团的变化，包括于下列情况中：
<1>、在单位中
a、 一单位受外在对象否定作用，遭到破坏或限制。如食肉动物捕捉猎物吞食，消灭了猎物；人将动物囚于笼中，限制动物的活动。
b、 一单位受外在对象否定作用，使单位内容和结构改组，出现原本没有的新特性。如人工改变某一生物的遗传基因，产生新物种。
c、 一单位受外在对象否定作用，产生否定和反否定斗争关系上的发展。如原子化合成分子的过程中，双方均利用对方外层电子，又在自身的外层电子被对方使用时不脱离自身，在斗争中形成有控制的统一体。又如生物进化进程中，水中的原始鱼类为了在陆地生存，通过克服陆地的相对否定作用，进化出用于行走的腿。再如一个原始部落遭到另一个部落的侵犯，迫使该部落设计制造武器、修筑堡垒进行防御。这三个例子表明，事物发展变化中新特性的产生，都是事物单位在反否定斗争中控制关系发展的结果。（此类关系有多种形式，所有联合性关系的背后，都依靠否定和反否定关系维系的，本节稍后将予详述。）
<2>、在元素集团中（指不产生统一制约关系的元素群集）
a、 集团遭受否定作用而分裂，其中质的主体单位无性质改变。如金属块破裂。
b、 集团遭受否定作用改变形式，其中质的主体单位无性质改变，如端点尖锐的金属条被压成球体，穿刺能力消失，滚动条件产生。
上列五种关系中，除了单位反否定的发展变化是建立在控制关系上以外，其他变化都不是单位内部控制关系上产生的变化，都不可能成为发展变化的基本途径。
从我们人类的经验上看，事物的进化，都是结构更复杂、控制进一步延伸和显示出形式上“合”的关系。然而上面的结论却表明，进化的原因竟同其他变化一样，来自于否定作用，是反否定的斗争带来了进化。这个结论一定会使一些人在感情上不愿接受。为此，有必要把单位反否定斗争的关系作进一步分析，阐明发展变化的内在机理。从而使人看清，除了赤裸裸的否定和反否定关系导致的变化外，那些表面上“合作”、“友好”的联合性关系，其本质也是反否定的关系。
关于发展变化的质主体与外在对象之间的关系，有对抗关系和联合关系两类。
首先看一下对抗关系。对抗就是单位主体与外在对象之间相否定的关系，因相否定而引起斗争。其中又有两种情况，一种可称为分立对抗，另一种可称为强合对抗。分立对抗的方式是双方在对抗中各自发展，比如两个国家为领土产生冲突，为战胜对方，各自组建军队、制造武器、构筑军事设施。双方组织起来的军队，发明制造的武器和构筑的设施以及相关技术，就是反抗对方否定本国利益而发展形成的受控制的新内容，且对新内容的控制关系是双方分别发展的。国与国的战争冲突推动科技发展在历史上经常发生。欧洲封建社会长期分裂造成的剧烈军事和政治竟争，由此产生的巨大压力迫使各国必须不断变革以求生存，带来了明显的科技进步。欧洲启蒙运动和政治、军事、经济、宗教的剧变，都因冲突的刺激而发生，姿本主义发展因此创造了条件。现代人则对第二次世界大战带来战后科技腾飞有明显感觉。在生物和自然界关系上，对抗导致进化的观点已被普遍接受。达尔文阐述的自然选择原理，即说明生物只有能够反抗自然界中的危险，适应自然变化才能生存。（有关对达而文自然选择概念的争议将在第三章中作分析。）适应功能就是对抗自然危害的产物。
与分立对抗相反，强合对抗关系是强合与反强合斗争造成统一结构的关系。比如传统理论阐述原子核与核外电子的关系，就是说明弱力对电子的束缚与电子自由运动的斗争关系，造成了电子绕核运动的组织结构规律。其中电子的自由运动是对弱力束缚的反抗，弱力又是对电子自由运动的相对反抗，在两个反否定的斗争上，形成了电子绕核运动的原子结构。而原子的这个组织，对外又成为一个产生特定性能的统一体。
以上两种关系说明，质主体在对抗的反否定斗争中造成了有控制的发展变化。
其次看一下联合关系。按双方是否得益的标准，联合关系通常是指两个方面的独立单位间的互助关系。人们习惯理解的联合关系，往往是带有乌托邦色彩的利他主义互助互利关系。这种理解与“否定和反否定斗争”的原理格格不入。联合关系中的互利，表面上是双方相互肯定的关系；但是如果两个单位各自仅仅得到肯定，而没有自已的付出，那只是维持原来的本质，不发生质变。事实上，联合导致的进化，是独立单位双方因相互利用形成控制上关系的发展，产生新的控制内容和特点。比如两个国家结成联盟，协议规定了两国的权利和义务，在协议的范围内服从统一的按排，这就形成了具有新的内外控制关系的单位。联合关系双方中的任何一方，在来源上和另一方没有直接关系，都不可能事先存在肯定和维护对方的本性，上帝并没有给独立单位灌入将自已献给其他单位的“牺牲精神”。那么，事物在互助互利的形式中发展变化的现象背后，必然另有因素在起作用。
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